Mei no Naisho ya ta'allaka ne da rayuwar taken mai suna Mei Haruna, wani saurayi mai cikakken iko wanda mahaifiyarsa mayya ta goya shi a matsayin yarinya, kuma koyaushe yana tunanin kansa a matsayin mace. Mahaifiyarsa ita kaɗai ce dangin da yake da su, don haka bayan ta mutu, ya koma makarantar sakandare ta mata kuma ya zo ya zauna a ɗakin kwanan makarantar tare da maƙwabcinsa sanannen mai suna Abel, da mai dakinsa Fuuka Honjou, wanda kuma memba ne na kwamitin da'a na jama'a. Jim kaɗan bayan sun isa makarantar, sabbin abokansa suka gano bayan wani sihiri da aka nuna a ɗakin wanka na mazaunin mazaunin maza cewa shi ainihin namiji ne, duk da cewa wannan ya ba shi mamaki matuka duk da cewa yana sane da bambancin yanayin da ke tsakaninsa da 'yan mata na al'ada. Duk da cewa an gano shi, kuma bayan an sami sa hannun shiga cikin karkatarwar shugaban majalisar daliban, shugaban makarantar ya yanke shawarar cewa zai iya zama a makarantar. Washegari, Mei ya zo makaranta tare da Fuuka kuma ya ba da haƙuri game da ɓoye gaskiyar cewa shi mayya ne, kuma ya sanar da sauran yadda yake da alama namiji ne. Sauran ɗaliban sun karɓe shi da sauri a matsayin ɗayansu, kuma suna da sha'awar yadda zai iya yin sihiri.
